Theo số liệu quan trắc của Viện Tài nguyên, Môi trường và Công nghệ sinh học trực thuộc Đại học Huế (giai đoạn 2005–2008), nhiệt độ môi trường nước của Đầm Lập An dao động trong khoảng từ 18–31 °C, độ pH dao động từ 7,4–8,5‰, độ đục ở khoảng 0–18 NTU. Hàm lượng chất rắn lơ lửng dao động trong khoảng 38–186 mg/l, vượt ngưỡng an toàn cho các hoạt động tắm (25 mg/l) và nuôi thủy sản (50 mg/l) theo TCVN 5943-1995.[11]

Hàm lượng các chất hữu cơ như BOD5 0,5–1,6 mg/l và chỉ số oxy hòa tan của Đầm Lập An lần lượt là 0,5–1,6 mg/l và 5,6–6,9 mg/l, thỏa mãn TCVN 5943-1995. Chỉ số COD nằm trong mức cao (10,2–20,5 mg/l), không đáp ứng Quy chuẩn Kỹ thuật quốc gia 10:2008/BTNMT. Thành phần amoni trong nước luôn ở mức cao (0,63–0,65 mg/l) so với tiêu chuẩn (0,1–0,5 mg/l cho tất cả các mục đích). Trong khi đó chỉ số P-PO43- luôn nhỏ hơn 0,01 mg/l, do đó không có nguy cơ thừa dinh dưỡng.[11]

Lượng kim loại nặng trong nguồn nước Đầm Lập An được xác định là trong ngưỡng an toàn. Cụ thể, hàm lượng Fe ổn định trong ngưỡng 0,01–0,24 mg/l, trong khi hàm lượng Pb dao động từ 0,76–1,27 µg/l. Tuy nhiên, thành phần coliform trong đầm dao động ở khoảng khá lớn (0–10.000 MPN/100 ml), trong nhiều trường hợp vượt ngưỡng an toàn (1.000 MPN/100 ml).[11]